Arrêts maladie : le gouvernement muscle les contrôles

Depuis le 1er septembre 2026, les arrêts maladie font l’objet de nouvelles règles de prescription. Motif médical obligatoire, durées plafonnées, surveillance des prescriptions : l’Assurance Maladie cherche à mieux encadrer un poste de dépenses en forte progression. Mais contrairement à ce que pourrait laisser penser ce durcissement, les droits des employeurs en matière de contrôle restent inchangés.

Quels contrôles peuvent être réalisés ? Dans quelles conditions une entreprise peut-elle demander une contre-visite médicale ? Et quelles sont les limites de ces dispositifs face à la progression de l’absentéisme ?

Arrêts maladie : ce qui a changé au 1er septembre 2026

La loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 introduit deux évolutions majeures dans la prescription des arrêts de travail.

Première nouveauté : la justification médicale devient systématique. Depuis le 1er septembre, les professionnels de santé doivent préciser le motif médical justifiant un arrêt de travail, à l’exception des arrêts liés à un accident du travail ou à une maladie professionnelle.

Cette information est destinée exclusivement au service médical de l’Assurance Maladie. L’employeur n’y a pas accès et le secret médical demeure inchangé.

Deuxième changement : les durées de prescription sont désormais plafonnées.

• 31 jours maximum pour un arrêt initial ;

• 62 jours maximum pour chaque prolongation.

Des dépassements restent possibles lorsque l’état de santé du patient le justifie, au regard des recommandations de la Haute Autorité de santé.

Ces nouvelles dispositions, précisées par l’Assurance Maladie, visent à renforcer le suivi médical des arrêts sans modifier les formalités des salariés auprès de leur employeur.

Le plafonnement de la durée des arrêts maladie constitue ainsi le premier volet de la réforme. Le second enjeu concerne les mécanismes de contrôle et leur portée réelle.

Pourquoi l’Assurance Maladie renforce-t-elle les contrôles ?

Le durcissement des règles intervient dans un contexte de forte augmentation des dépenses liées aux arrêts de travail.

Selon le rapport Charges et produits de l’Assurance Maladie, les dépenses d’indemnités journalières ont progressé de 27,9 % entre 2019 et 2023.

Cette hausse s’explique par plusieurs facteurs :

• Environ 60 % proviennent de facteurs démographiques et économiques, notamment le vieillissement de la population active et l’augmentation des salaires.

• Les 40 % restants sont liés à la progression de la fréquence et de la durée des arrêts.

Le rapport fait également état de près de 500 000 prescriptions initiales dépassant 33 jours en 2024, dont une partie excède les durées recommandées.

L’enjeu n’est donc pas uniquement de détecter les arrêts injustifiés, mais aussi de mieux encadrer les pratiques de prescription.

Cette approche répond toutefois à une partie seulement du problème. La progression des arrêts maladie depuis 2019 renvoie également à des transformations plus profondes du monde du travail : vieillissement des actifs, conditions de travail, intensification de certaines activités et enjeux de santé mentale.

Quels sont les différents types de contrôles des arrêts maladie ?

Plusieurs dispositifs permettent de vérifier la régularité ou le bien-fondé d’un arrêt de travail. Ils ne relèvent toutefois pas des mêmes acteurs et n’entraînent pas les mêmes conséquences. 

L’Assurance Maladie peut vérifier que le salarié respecte les obligations associées à son arrêt de travail.

Ces vérifications peuvent notamment porter sur sa présence au domicile pendant les heures imposées, lorsque des restrictions de sortie sont prévues. Le refus volontaire de se soumettre à un contrôle peut entraîner des conséquences financières, notamment sur le versement des indemnités journalières.

Le contrôle médical par un médecin-conseil

Le service médical de l’Assurance Maladie peut également examiner le bien-fondé d’un arrêt et sa durée.

Si le médecin-conseil estime que l’interruption de travail n’est plus médicalement justifiée, il peut fixer une date de fin d’arrêt, avec des conséquences sur le versement des indemnités journalières.

Ce dispositif relève exclusivement de l’Assurance Maladie.

La contre-visite médicale demandée par l’employeur

Contrairement aux deux premiers dispositifs, la contre-visite peut être organisée à l’initiative de l’entreprise.

Son objectif est de vérifier, par l’intermédiaire d’un médecin indépendant mandaté, si l’arrêt de travail reste justifié.

Ce mécanisme existait avant la réforme de septembre 2026. Ses modalités ont notamment été précisées par le décret du 5 juillet 2024.

Un autre dispositif concerne directement les prescripteurs : les professionnels dont les volumes de prescriptions apparaissent atypiques peuvent faire l’objet de mesures de suivi, notamment d’une mise sous accord préalable ou d’un objectif de réduction.

Contre-visite médicale : quelles règles pour les employeurs ?

La contre-visite représente le principal moyen de contrôle à l’initiative de l’employeur. Son fonctionnement est défini par les articles R1226-10 à R1226-12 du Code du travail.

Quelles obligations pour le salarié ?

Lorsqu’un arrêt de travail est prescrit, le salarié doit communiquer à son employeur son lieu de repos s’il diffère de son domicile.

En cas de sorties libres, il doit également préciser les horaires auxquels une contre-visite peut être effectuée.

Ces informations doivent être actualisées en cas de changement pendant l’arrêt.

Il ne s’agit pas d’une nouvelle obligation de septembre 2026, mais d’une disposition issue de la réglementation entrée en vigueur en juillet 2024.

Comment se déroule une contre-visite ?

Le contrôle est obligatoirement réalisé par un médecin mandaté par l’employeur.

Deux modalités sont possibles :

• Une visite au domicile ou au lieu de repos déclaré, sans obligation de prévenir le salarié, dans le respect des règles relatives aux sorties.

• Une convocation au cabinet du médecin, communiquée par un moyen permettant d’établir avec certitude sa date.

Le salarié peut signaler une impossibilité de déplacement, notamment pour des raisons médicales.

À l’issue de l’examen, le médecin indique si l’arrêt lui paraît justifié ou injustifié, ou si le contrôle n’a pas pu être effectué pour un motif imputable au salarié.

L’employeur doit ensuite transmettre cette information au salarié sans délai.

Quelles conséquences en cas d’arrêt jugé injustifié ?

La portée de la contre-visite reste limitée.

Lorsqu’un arrêt est considéré comme injustifié, ou qu’un salarié fait obstacle au contrôle dans les conditions prévues, l’employeur peut, sous réserve des règles applicables, suspendre le complément de salaire dont il assure le versement.

En revanche, il ne peut pas décider directement de supprimer les indemnités journalières de la Sécurité sociale.

Le médecin contrôleur transmet également ses conclusions à l’Assurance Maladie, qui peut engager les suites prévues par la réglementation.

Cette distinction est essentielle : le contrôle patronal et le contrôle de l’Assurance Maladie relèvent de deux procédures différentes.

Arrêts courts et répétitifs : un angle mort des dispositifs de contrôle ?

Si les arrêts longs concentrent une partie de l’attention réglementaire, les absences courtes et répétées constituent un autre enjeu pour les entreprises.

Leur impact dépend notamment des règles de maintien de salaire, des conventions collectives et de l’organisation des équipes.

En principe, les indemnités journalières maladie sont versées après un délai de carence de trois jours. Certaines dispositions conventionnelles prévoient toutefois un maintien de rémunération dès le début de l’absence.

Les arrêts de courte durée peuvent ainsi représenter un coût direct pour l’entreprise, auquel s’ajoutent les conséquences organisationnelles : remplacement, redistribution de la charge de travail ou désorganisation des plannings.

Or, les nouvelles limites de prescription ne répondent pas directement à la question de la répétition des absences courtes.

Un signal qui ne traduit pas nécessairement une fraude

La répétition des arrêts peut susciter des interrogations, mais elle ne constitue pas en elle-même une preuve d’abus.

L’analyse de l’absentéisme gagne à prendre en compte plusieurs dimensions : répartition des absences par service, fréquence, durée, évolution dans le temps et éventuelles concentrations sur certains postes ou horaires.

Une hausse des absences au sein d’une même équipe peut, par exemple, justifier un examen des conditions de travail, de la charge d’activité ou des pratiques managériales.

À l’inverse, une situation individuelle ne permet pas, à elle seule, de conclure à un comportement fautif.

La distinction entre absentéisme individuel et phénomène collectif reste déterminante pour identifier les réponses adaptées.

Contrôle des arrêts maladie : quelles limites pour l’employeur ?

Le renforcement des obligations imposées aux prescripteurs ne donne pas aux entreprises de nouvelles prérogatives en matière de surveillance des salariés.

Plusieurs limites demeurent.

Le secret médical reste absolu dans la relation avec l’employeur. Le motif de l’arrêt ne figure pas sur le volet qui lui est destiné. Aucune information relative à la pathologie ne peut être exigée.

De même, un responsable hiérarchique ne peut pas se substituer à un médecin mandaté pour effectuer une contre-visite médicale.

Enfin, un arrêt maladie régulièrement prescrit ne constitue pas, en lui-même, un motif de sanction disciplinaire.

Des manquements distincts peuvent néanmoins être examinés, notamment lorsqu’un salarié ne respecte pas ses obligations de justification de l’absence. Les règles applicables relèvent alors du régime de l’absence injustifiée.

Le recours à une contre-visite doit donc être distingué d’une procédure disciplinaire.

Quelles conséquences pour la gestion RH des absences ?

Pour les services RH, la réforme de septembre 2026 entraîne surtout des ajustements dans le suivi administratif des arrêts.

Un suivi plus précis des prolongations

Le plafonnement des prescriptions à 31 jours pour un arrêt initial et 62 jours pour une prolongation peut multiplier les échéances de renouvellement pour certains arrêts de longue durée.

Les équipes chargées de la paie et de l’administration du personnel doivent donc porter une attention particulière à la réception des justificatifs et au suivi des dates.

La gestion de la prolongation des arrêts maladie conserve ainsi toute son importance.

Des procédures internes à clarifier

Les obligations relatives au lieu de repos et aux horaires de contre-visite peuvent également être rappelées dans les procédures internes de gestion des absences.

Une formalisation claire permet de sécuriser les démarches de l’employeur et de mieux informer les salariés sur leurs obligations.

La prévention reste un enjeu central

Au-delà des évolutions réglementaires, la maîtrise de l’absentéisme ne peut reposer uniquement sur les contrôles.

La contre-visite répond à une situation individuelle. Elle ne permet pas, en revanche, d’identifier les causes d’une augmentation globale des absences.

Lorsqu’une hausse se concentre dans certains services ou sur certaines périodes, un diagnostic des conditions de travail peut apporter des éléments de compréhension complémentaires.

Charge de travail, organisation, management, prévention des risques professionnels : autant de facteurs à examiner avant d’attribuer la progression de l’absentéisme à des comportements individuels.

Contrôler les arrêts maladie ne suffit pas à réduire l’absentéisme

La réforme entrée en vigueur le 1er septembre 2026 marque une nouvelle étape dans l’encadrement des arrêts de travail. Elle renforce les obligations des prescripteurs et introduit des limites de durée, sans modifier fondamentalement les possibilités de contrôle des employeurs.

La contre-visite médicale demeure le principal dispositif à leur disposition, dans un cadre strictement défini.

Mais la multiplication des contrôles ne constitue pas, à elle seule, une politique de prévention de l’absentéisme. La progression des arrêts de travail soulève aussi des questions plus larges sur la santé des salariés, les conditions de travail et l’organisation des entreprises.